Il 6 marzo 2013 dagli amministratori delegati di FS Italiane, Trenitalia e RFI, nella qualità di Soci Fondatori, sono stati sottoscritti l'Atto costitutivo e lo Statuto della Fondazione. Da dicembre 2015 il Ministero Beni e delle Attività Culturali e del Turismo è “aderente istituzionale” alla Fondazione FS. Il Consiglio di Amministrazione è composto dal Prof. Mons. Liberio Andreatta già Amministratore Delegato dell’Opera Romana Pellegrinaggi, dal Dott. Roberto Mannozzi Direttore Centrale Amministrazione Bilancio, Fiscale e Controllo di FS Italiane, dall’Ing. Marco Caposciutti Direttore Tecnico di Trenitalia e dall’Ing. Vincenzo Macello Responsabile Direzione Investimenti di Rete Ferroviaria Italiana.
La Presidenza è affidata al Prof. Andreatta Mons. Liberio